ההגנה 65 חיפה
הביקור במוזיאון מתחיל בסיפור ההעפלה - המאבק על זכותנו לעלות לארץ ישראל בין השנים 1934-1948.
מאבק המעפילים והיישוב היו אחת מאבני הדרך להקמת המדינה. אוניית המעפילים "אף על פי כן" משמשת מוצג מרכזי בפרק ההעפלה
ובאמצעותה מסופר סיפור ההעפלה כולו.
אגף מיוחד מוקדש לתולדות חיל הים ששורשיו נטועים במפעל ההעפלה.
באגף ניתן להתרשם מצילומים, תעודות, תרשימי קרב, דגמי אניות, ומוצגים מקוריים כמו ספינת הטילים אח"י "מבטח" והצוללת אח"י "גל",
ונשק ואמצעי לחימה ימיים. בחצר המוזיאון ספינת טילים וצוללת בהן ניתן לבקר.